利用分散量理论辨识外膜蛋白
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邹凌云 王正志 黄教民 国防科技大学机电工程与自动化学院;
【摘要】利用分散量的数学理论,提出了基于最小分散增量的蛋白质序列辨识方法.通过多种特征联合对蛋白质序列进行编码,并建立基于最小分散增量的分类器MID_OMP,应用于革兰氏阴性细菌外膜蛋白序列辨识.在数据集上的Jackknife测试中,MID_OMP辨识外膜蛋白和α螺旋跨膜蛋白的准确率达到95.7%,辨识外膜蛋白和球状蛋白的准确率达到91.0%;在14个细菌基因组内挖掘结果显示,MID_OMP具有较高的敏感性和特异性,预测结果的可信度明显优于另外一种OMPs挖掘工具TMBETA-GENOME.
【关键词】 外膜蛋白 分散量 分散增量 挖掘
【基金】国家自然科学基金资助项目(60471003)
【分类号】Q51
外膜蛋白(outer membrane proteins,OMPs)是革兰氏阴性细菌外膜的重要组成物质,是外膜功能的主要执行者,其功能包括参与非特异性调控、组成运输离子和小分子的通道、控制分子(如麦芽糖、蔗糖分子)通过外膜、参与构成电位调控型阴离子通道等[1,2].OMPs与革兰氏阴性细菌的致病
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摘要：利用分散量的数学理论，提出了基于最小分散增量的蛋白质序列辨识方法，通过多种特征联合对蛋白质序列进行编码，并建立基于最小分散增量的分类器MID_OMP，应用于革兰氏阴性细菌外膜蛋白序列辨识，在数据集上的Jackknife测试中，MID_OMP辨识外膜蛋白和α螺旋跨膜蛋白的准确率达到95.7%，辨识外膜蛋白和球状蛋白的准确率达到91.0%；在14个细菌基因组内挖掘结果显示，MID_OMP具有较高的敏感性和特异性，预测结果的可信度明显优于另外一种OMPs挖掘工具TMBETA-GENOME。
关键词：外膜蛋白；分散量；分散增量；挖掘
中图分类号：Q516 文献标识码：A 文章编号：1007-7847(2008)04-0303-06
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